Agencijom za znanost i visoko obrazovanje upravlja Upravno vijeće, koje ima predsjednika i osam članova.
Prava i odgovornosti Upravnog vijeća utvrđene su Zakonom o osiguravanju kvalitete u visokom obrazovanju i znanosti (Narodne novine, br. 151/2022), Zakonom o ustanovama (Narodne novine, br. 76/1993, 29/1997, 47/1999, 35/2008, 127/2019), Statutom Agencije (KLASA: 003-05/13-01/0001; URBROJ: 355-01-23-29) te drugim općim aktima Agencije.
Predsjednika i sedam članova Upravnog vijeća imenuje i razrješuje Vlada Republike Hrvatske. Vlada Republike Hrvatske imenuje jednog člana na prijedlog Nacionalnog vijeća za visoko obrazovanje, znanost i tehnološki razvoj, tri člana na prijedlog Rektorskog zbora Republike Hrvatske, dva člana na prijedlog Zbora veleučilišta Republike Hrvatske te dva člana na prijedlog Ministarstva znanosti i obrazovanja. Devetog člana Upravnog vijeća kao predstavnika radnika Agencije imenuje i razrješava radničko vijeće Agencije. Predsjednik i članovi Upravnog vijeća imenuju se na vrijeme od četiri godine.
Upravno vijeće Agencije donosi odluke na sjednicama, a odlučuje većinom glasova ukupnog broja članova Upravnog vijeća (pet glasova). Upravno vijeće pravovaljano raspravlja i odlučuje kada je na sjednici nazočno najmanje pet članova vijeća.
Sjednice Upravnog vijeća održavaju se prema potrebi, a najmanje tri puta godišnje. Sjednice Upravnog vijeća saziva predsjednik Upravnog vijeća. Prijedlog za sazivanje sjednice može dati član Upravnog vijeća odnosno ravnatelj Agencije, a o zaprimljenom prijedlogu odlučuje predsjednik Upravnog vijeća.
Upravno vijeće Agencije za znanost i visoko obrazovanje:
- na prijedlog ravnatelja i uz prethodnu suglasnost ministarstva nadležnog za visoko obrazovanje i znanost donosi Statut Agencije,
- imenuje i razrješava ravnatelja Agencije,
- na prijedlog ravnatelja Agencije imenuje i razrješava zamjenika i pomoćnike ravnatelja Agencije,
- imenuje i razrješava članove Akreditacijskog savjeta,
- donosi godišnji program rada Agencije,
- nadzire provođenje godišnjeg programa rada Agencije,
- usvaja godišnji financijski plan Agencije,
- usvaja završno financijsko izvješće Agencije,
- određuje usluge koje Agencija obavlja uz naknadu te naknadu za pruženu uslugu,
- donosi godišnji program rada Akreditacijskog savjeta,
- usvaja godišnje izvješće o radu Akreditacijskog savjeta,
- usvaja godišnje izvješće o radu Agencije,
- donosi Pravilnik o unutarnjem ustrojstvu i sistematizaciji radnih mjesta Agencije,
- donosi Poslovnik o radu Upravnog vijeća,
- donosi i druge opće akte iz djelokruga rada Agencije,
- potpisuje ugovor o radu koji se sklapa s ravnateljem Agencije u čemu Upravno vijeće zastupa njegov predsjednik,
- odlučuje kao tijelo drugog stupnja o pravima radnika iz radnog odnosa i u vezi s radom,
- obavlja i druge poslove u skladu sa Zakonom o osiguravanju kvalitete u visokom obrazovanju i znanosti i Statutom Agencije.
Članovi Upravnog vijeća Agencije za znanost i visoko obrazovanje:
- prof. dr. sc. Dijana Vican, predsjednica,
- prof. dr. sc. Bosiljka Britvić Vetma, članica,
- prof. dr. sc. Drago Šubarić, član,
- prof. dr. sc. Tibor Pentek, član,
- izv. prof. dr. sc. Damir Jugo, prof. struč. stud., član,
- dr. sc. Ljubo Runjić, prof. struč. stud., član,
- gospodin Ivica Šušak, dipl. iur., član,
- gospođa Dijana Mandić, dipl. iur., članica,
- gospođa Maja Šegvić, struč. spec. admin. publ., članica (predstavnica zaposlenika).